復讐之地，東京。即將被闇之鮮血染紅

201X年，冬。

在浮島地區，因為七原文人的實驗使得小夜遭到信任的親友背叛，失去了一切的小夜為了對文人進行復仇而前往東京。然而當時東京正受到文人和其所屬祕密組織塔的完全支配，文人更藉由在浮島所獲得的資料，開始在暗地裡進行某種實驗。

來到東京的小夜，在地下鐵中搭救了被「古物」襲擊的少女柊真奈，原來真奈是網路反抗組織薩拉特的一員，他們為了揭發塔的陰謀而暗中活動著，由於利害關係一致，小夜決定與薩拉特聯手向文人發出挑戰。某天，他們得到文人即將在私立十字學園進行演講的訊息，於是小夜和真奈潛入了十字學園，準備伺機和文人一決勝負，不料這其實又是文人所設下的圈套，到底小夜和真奈能否從文人手中奪回真正屬於自己的自由呢？現在，最後的戰鬥即將展開…。